Действие игры разворачивается за пять лет до событий Batman: Arkham Asylum. В ночь перед Рождеством преступный босс Чёрная Маска нападает на тюрьму «Блэкгейт» и берёт в заложники комиссара полиции — Лоуба. Бэтмен, который только два года ведёт борьбу с преступностью в Готэме, отправляется туда к большому огорчению дворецкого Альфреда Пенниуорта, желающего, чтобы Брюс хотя бы праздник провёл как все нормальные люди. Чёрная Маска поднимает бунт в тюрьме и убивает комиссара Лоуба. Выясняется, что комиссар Лоуб был в сговоре с Чёрной Маской и почти все люди в его участке коррумпированы.